Kultatähkä-yhdistys oli hakenut kauppa- ja teollisuusministeriöstä lupaa ammattikoulun perustamiseen jo vuonna 1939, kun Janakkalan kunta oli luovuttanut Kiipulan tilan yhdistykselle. Marraskuussa 1939 alkanut talvisota esti kuitenkin tuolloin ammattikouluhankkeen.
Vuonna 1949 tuli voimaan Tuberkuloosilaki, ja sen myötä tuberkuloosin vastustamistyö jäi kuntien vastuulle. Täten myös valtionapua saivat vain kunnat ja kuntainliitot. Säätiöt, kuten Kultatähkän Kiipulasäätiö, ei saanut enää valtiolta rahaa. Myös rahankeräystoiminta oli hiipunut.
Lisäksi Kiipula joutui luopumaan suuresta osasta maitaan maanhankintalain takia vuonna 1945. Maanhankintalain perusteella muodostettiin niin sanottuja maanhankintatiloja eli asutustiloja sodassa olleille rintamamiehille, kaatuneiden omaisille ja sodassa Neuvostoliitolle luovutettujen alueiden siirtoväelle.
1950-luvun alussa Kultatähkän Kiipulasäätiön talous perustui kuitenkin vielä paljolti maatilatalouteen, vaikka sadot olivat usein heikkoja. Viljelykasveina olivat muun muassa sokerijuurikas, punajuuri ja eri viljalajeja. Kauppapuutarha oli sekä osa maatilaa että puutarhakoulun perustamisen jälkeen koulun opetuksen käytössä. Ulkona kasvoi hedelmäpuita, marjapensaita ja koristekasvien taimia, kun taas kasvihuoneissa tärkeimpiä kasveja olivat kukat sekä sipulikasvit, tomaatti ja kurkku.
Vielä 1950-luvulla Kiipulan tilalla oli myös kolmikymmenpäinen karja, pari hevosta, parikymmentä sikaa ja noin 70 kanaa. Eläimistä luovuttiin vaiheittain lähivuosikymmenten kuluessa, sillä niiden pito ei ollut taloudellisesti kannattavaa. Kultatähkän Kiipulasäätiö ei voinut perustaa talouttaan ja toimintaansa enää vain maatalouteen.
1955 perustettiin tuberkuloosi-invalideille tarkoitettu konttorityökoulu. Seuraavana vuonna 1956 perustettiin puutarhakoulu, ja 1958 aloitti sähköalan ammattikoulu.
Oli puutarhakoulussa välillä rennompaakin. Kun opiskelijat olivat pellolla töissä 1960-luvun alkuvuosina, tuotiin heille kahvikärryllä taukoevästä. Pellonpientareella nautittiin auringonpaisteessa kahvit ja tuoreet pullat.
Ammatillisen koulutuksen ensimmäiset toimintavuodet olivat taloudellisesti raskaita. Koulutuksen tukemiseksi perustettiin Kultatähkän Kiipulasäätiön kannatusyhdistys, mutta säätiön oli silti pakko ottaa lainaa.
Suomen Tuberkuloosin Vastustamisyhdistys (STVY) oli merkittävässä roolissa, kun ammatilliset oppilaitokset perustettiin Kiipulaan vuonna 1955. Yhdistys maksoi koulujen perustamiskustannuksista kolmanneksen. Yhdistys rahoitti myös vuodesta 1967 alkaen huomattavasti myös Kiipulan toipilaskodin – Kultatähkäkodin – toimintaa kymmenisen vuotta ennen toiminnan loppumista. Kultatähkäkoti tuberkuloosista toipuville toimi ammatillisen koulutuksen rinnalla Kiipulassa aina vuoteen 1978.
Vuosina 1978–1994 Suomen Tuberkuloosin Vastustamisyhdistys vastasi myös huomattavalla osuudella Kiipulan yksinhuoltajaoppilaiden -ja kuntoutujien lapsille perustetun päiväkodin ylläpitokustannuksista. Myös Kiipulan työntekijöiden lapsia oli päiväkodissa hoidossa.
1960-luvun alussa Kultatähkän Kiipulasäätiön toimintaan ja sitä tukemaan mukaan tulleet toimitusjohtaja Allan Suhonen, Kansaneläkelaitoksen pääjohtaja Jaakko Pajula sekä Helsingin yliopiston tuberkuloosiopin professori Jorma Pätiälä pitivät perusajatuksenaan yhdistää ammatillinen ja lääkinnällinen kuntoutus. Lääkinnälliseen kuntoutukseen saatiin lupa viimein vuonna 1970. Kuntoutukseen haettiin oppia Saksasta ja Sveitsistä paikallisista alan laitoksista. Myös sosiaalinen kuntoutus nähtiin tärkeänä alkuajoista lähtien. Koulujen opetussuunnitelmia alettiin myös uudistaa, niin että ne vastasivat työelämän tarpeisiin. Myös valtionapujen saaminen kouluille oli tärkeää ja siten yhteydet ministeriöihin, joiden alaisena säätiö toimi, pyrittiin saamaan kuntoon.
Vuonna 1964 koulutus avattiin tuberkuloositoipilaiden lisäksi muistakin vammoista tai rajoitteista kärsiville opiskelijoille. Kehityslinja, jota oli kuljettu Kiipulassa ja koko Suomessa tuberkuloosin voittamiseksi, oli tullut tiensä päähän. Tähän liittyi osaltaan se, että 1960- ja 1970-lukujen taitteessa säätiön nimeä haluttiin yksinkertaistaa. Kultatähkäkeräys, johon Kultatähkänimi pohjautuu, oli jäänyt historiaan. Kultatähkän Kiipulasäätiöstä tuli Kiipulasäätiö.
Ajan saatossa koulutusten sisällöt jarakenteet muuttuivat, ja vuonna 2000 Kiipulan kolme ammatillista erityisoppilaitosta – Kauppaoppilaitos (Konttorityökoulu), Ammattioppilaitos (Sähkökoulu) ja Puutarhaoppilaitos (Puutarhakoulu) yhdistyivät Kiipulan ammattiopistoksi. Kiipulan aikuiskoulutuskeskus yhdistyi ammattiopistoon vuonna 2007. Vuonna 2009 Kiipulan perheen ja alueen historia nivoutui lisäksi yhteen toisen yhteiskunnallisesti aktiivisen ja edistyksellisen perheen, Emma ja Edwin Hedmanin historian ja elämäntyön kanssa. Hedmanit olivat uranuurtajia kehitysvammaisten koulutuksen järjestäjinä Suomessa. Vuonna 2009 valtio luopui erityisammattikouluistaan ja Hedmanien elämäntyöstä alkunsa saanut Hämeenlinnassa sijainnut Perttulan erityisammattikoulu liitettiin Kiipulasäätiön organisaatioon.