Kiipulan historia kytkeytyy vahvasti Wilhelmiina ja Kustaa Kiipulan elämäntyöhön. Kiipulan rusthollitilasta on kehittynyt koulutus- ja kuntoutuspalveluita tarjoavan Kiipulasäätiön päätoimipaikka. Säätiön tavoitteet ovat edelleen samat kuin Kiipulan perheen: heikommassa asemassa olevien tukeminen ja yhteiskuntaan osallistumisen mahdollistaminen.
Wilhelmiina Kiipulan äiti ja isäpuoli menehtyivät vuonna 1868. Samana vuonna Wilhelmiina sai kumppanikseen Kiipulan rusthollitilaa hoitamaan serkkunsa Kustaan. Edistykselliset ja aikaansaavat Wilhelmiina ja Kustaa kehittivät tilan tuotantoa ja toimintaa mallitilaksi. Yhteiskunnankin asioissa aktiivinen Kustaa Kiipula valittiin talonpoikaissäädyn edustajaksi valtiopäiville vuosiksi 1885–1900.
Perheeseen syntyi kolme lasta, joista pojat Gustav ja Lauri kuolivat nuorina. Myös perheen tyttären Alman kuoltua 38-vuotiaana keuhkotuberkuloosiin vuonna 1907, perheeseen ei jäänyt tilan jatkajaa. Wilhelmiina ja Kustaa pohtivat tilan tulevaisuutta. Kustaan kuoltua Wilhelmiina teki testamentin, jossa hän määräsi heidän omaisuutensa tuberkuloosin vastustamistyöhön. Testamentissa hän määräsi perintötalonsa Janakkalan kunnalle tuberkuloosiparantolaksi Kiipulan tuberkeliparantola ja lastenkoti -nimellä, sekä mikäli tilaa on, kasvatuksessa laiminlyötyjen orpo- ja muiden lasten kodiksi.
Wilhelmiina kuoli ja testamenttia lähdettiin toimeenpanemaan vuonna 1936. Testamentissa mainituille tuberkuloosiparantolalle ja lastenkodille ei ollut enää tarvetta. Vuonna 1939 Kiipulan tila annettiin käyttöön opettaja Aili Sarkkilan perustamalle Kultatähkä-yhdistykselle. Sarkkila oli vuodesta 1928 alkaen tehnyt keräystyötä tuberkuloosiparantolasta päässeiden toipilaiden hyväksi.
Suomen Huollon tuberkuloosiparantola evakuoitiin Viipurista joulukuussa 1939 ja Kiipulassa se toimi aina vuoteen 1943 asti. Kultatähkäyhdistys aloitti Kiipulan Kultatähkäkodin toiminnan keuhkotautipotilaiden huoltotyökotina vuonna 1940. Toipilaiden kuntoutuksen tehostamiseksi perustettiin Kiipulan tilalle vuonna 1945 Kultatähkän Kiipulasäätiö.
1953 laajennettu invalidihuoltolaki teki mahdolliseksi antaa ammattikoulutusta myös sairausinvalideille valtion avustuksella, ja varsinaisen koulutus- ja kuntoutuskeskuksen rakentaminen Kiipulaan alkoi vuonna 1955. Säätiön tukijoiksi tulivat Janakkalan kunnan lisäksi Kansaneläkelaitos ja Suomen Tuberkuloosin Vastustamisyhdistys ry. (nykyisin Filha ry.).
Kultatähkän Kiipulasäätiön Ammatillisten Koulujen ensimmäisenä kouluna aloitti vuonna 1955 yksivuotinen konttorityökoulu. Helmikuussa 1956 käynnistyi kaksivuotinen puutarhakoulu, jonka rinnalle perustettiin kauppapuutarha. Elokuussa 1958 aloitti kolmivuotinen puhelin- ja radioalan ammattikoulu. Ammatillinen koulutus oli aluksi suunnattu nimenomaan keuhkoinvalideille.
Lääkinnällisen kuntoutuksen ottaminen osaksi Kiipulasäätiön toimintaa oli vireillä vuosia ennen kuin se toteutui lääkintöhallituksen luvalla keväällä 1970. Kuntoutusta tarvittiin ammatillisten koulujen oppilaiden ja toipilaskodin asukkaiden, mutta myös työkokeilussa ja suojatyössä olevien hoitamiseksi. Kultatähkän Kiipulasäätiön nimi muutettiin 1974 Kiipulasäätiöksi.
Kiipulan kuntoutusosastoa laajennettiin merkittävästi vuonna 1981 palvelukysynnän kasvaessa. Janakkalan Sääjärveltä hankittiin vuonna 1982 Haitin tila laajentuvan kuntoutus- ja kurssitoiminnan tarpeisiin. Vuonna 1989 aloitettiin Kiipulassa ensimmäiset Kansaneläkelaitoksen kustantamat ASLAK-kurssit.
Kiipulan kolme ammatillista erityisoppilaitosta, Kauppaoppilaitos, Ammattioppilaitos ja Puutarhaoppilaitos yhdistyivät Kiipulan ammattiopistoksi vuonna 2000 ja Kiipulan aikuiskoulutuskeskus yhdistyi ammattiopistoon vuonna 2007.
Kiipulan perheen historia nivoutui yhteen vuonna 2009 toisen yhteiskunnallisesti aktiivisen ja edistyksellisen perheen, Emma ja Edwin Hedmanin historian ja elämäntyön kanssa. Hedmanit olivat uranuurtajia kehitysvammaisten koulutuksen järjestäjinä Suomessa. Vuonna 2009 valtio luopui erityisammattikouluistaan ja Hedmanien elämäntyöstä alkunsa saanut Perttulan erityisammattikoulu liitettiin Kiipulasäätiön organisaatioon.
Lokakuussa 2017 Kiipulasäätiö osti Avire Oy:n kuntoutustoiminnan ja näin vahvisti kuntoutustoimintansa volyymia.
Vuodesta 2019 lähtien Kiipulasäätiö on ollut Suomalaisten Työn Liiton jäsen. Säätiölle on myönnetty Yhteiskunnallinen yritys -merkki.
